当玩家阅读《辐射II》中八号避难所里的记录时，将有可能发现一份机密文件（能否发现由玩家的科学技能决定）。在该文件中记载着，八号避难所是一座“受控避难所”，设计容纳1000名市民，并事先设定了开启时间。这份文件的发现向我们预示了隐藏在避难所计划之后隐秘而邪恶的目的。 

玩家同样可以利用科技技能从十三号避难所的中央计算机里获取十三号避难所的历史资料，包括历代管理者的更替以及被驱逐的居民名单，甚至建造避难所的真正目的也包含其中。显然，管理者知道避难所是为社会实验的目的而建立的，他将某些人驱逐出去的原因是害怕他们毁了这个实验……或者将实验的真相公诸于众。当然，管理者带来的麻烦并没有持续多久。根据《辐射II》中十三号避难所领袖马丁·弗罗比舍的记载，“许多年前曾经有一位管理者统治着，但他犯了错误，许多人因他的错误而离开避难所。我想他们的未来只能是死于荒野中。我们逮捕了管理者，审讯他，并判处死刑。从此以后我们就再也没用过这个头衔了。”马丁并没有亲见管理者 被处死刑，但他的资料根据他的那些先人们流传下来的十三号避难所里的记录写成的。 

简而言之，这些避难所根本不是合众国政府计划用来拯救民众的。合众国人口在2077年达到4亿，因此至少需要40万个十三号避难所这样规模的建筑才能满足拯救民众的需要，然而在避难所计划中仅仅建造了122个这样的避难所。建造这些避难所的真正目的是观察那些预先挑选出来的普通民众在孤立环境带来的压力下的表现，以及他们在避难所开放之后多长时间内能够重新开辟殖民地。

避难所试验计划包括： 

8号避难所： 
这是一座受控避难所，预先设定在十年后开启并开始向地面殖民。殖民的结果就是形成了避难所市。 

12号避难所： 
用于测试辐射作用在被选平民身上的效果。避难所的大门设计为永不关闭。这就是大墓地避难所……以及那些食尸鬼。 

13号避难所： 
预先设定在二百年后开放，用于观察超长期隔离造成的影响。由于净化水芯片失效，管理者不得不让一名被驱逐者前去寻找替代品。英克莱军根据对13号避难所记录的研究制定了目前这个试图结束战争的计划。 

15号避难所： 
预先设定关闭五十年，其中的居民具有完全不同的意识形态。从《辐射I》中你对阿拉达什的了解来看，他的话语中带有多种文化的影响。 

27号避难所： 
这座避难所被故意放置了超过正常负荷的人口。当年指定了2000人进入这座避难所，而这个数字是正常限度的两倍。这座避难所的位置尚无人知晓。 

29号避难所： 
进入这座避难所的人没有一个超过15岁。他们的父母因为种种借口被送往其他避难所。哈罗德就来自这座避难所。 

34号避难所： 
这座避难所里的军火库塞满了各种武器弹药，并且军火库没有上锁。 

36号避难所： 
这里的食物供应器设计为只能提供一些很稀的流质食品。 

42号避难所： 
这里没有一盏的灯泡超过40瓦。 

53号避难所： 
这里的大多数设备都设计为每隔几个月就瘫痪一次。这些设备故障都是可修复的，这座避难所的目的是对居民们施加超常的压力。 

55号避难所： 
这里没有任何娱乐磁带。 

56号避难所： 
这里没有任何娱乐磁带，除了那些由同一名蹩脚戏剧演员主演的录影带。社会学家预测该避难所的居民将先于55号避难所的崩溃。 

68号避难所： 
进入这座避难所的1000人中只有1个女人。 

69号避难所： 
进入这座避难所的1000人中只有1个男人。 

70号避难所： 
所有jumpsuit机设定在6个月后失效。 

106号避难所： 
避难所大门关闭之后的第十天，神经毒素将通过空气过滤系统渗入避难所内部。

根据传言，避难所计划中总共建造了122座避难所。为了给同人小说留下想象空间，其中的大多数实验品的细节都没有详细记录，以便诸位能够有足够的空间自行发挥。